加藤先生が紹介した置換行列から定数を引いた行列

$$M_{ij} = s_{ij}-a$$
で類似度の高い配列のアラインメントを行うことは、置換行列の確率的な解釈からどういう意味があるか、考察せよ。
ギャップコストは元のままであることに注意せよ。以下の数式を用いた議論が望ましい。
$$s_{ij}= T\log { \frac{p_{ij}}{q_i q_j} }$$